José Domínguez Abascal, actual secretario general técnico de Abengoa y que asumirá el cargo de presidente no ejecutivo a partir del 10 de octubre tras el acuerdo para que los bancos apoyen la ampliación de capital, está inculpado en el escándalo de los ERE desde 2014. Antes de incorporarse a la empresa en 2008, fue secretario general de Universidades de la Junta y formó parte por ello del consejo rector de la agencia Idea de la Junta.
Esta agencia autorizó durante una década (de 2001 a 2011) convenios para otorgar ayudas públicas directas a empresas o ayuntamientos que la juez Mercedes Alaya considera ilegales. Por ello, la magistrada imputó en 2014 a todos los miembros de ese consejo rector (25 personas) en mayo del año pasado. Entre esas personas está también el presidente de Unicaja, Braulio Medel, o el expresidente de El Monte (hoy Caixabank), José María Bueno Lidón.
Domínguez Abascal acudió a declarar en mayo de 2014 ante la juez Mercedes Alaya, aunque se acogió a su derecho a no contestar ni sus preguntas ni las del fiscal ni las de ninguna de las acusaciones. La magistrada, que ya no instruye el caso, le acusó en su auto de un delito continuado de prevaricación, malversación y falsedad, inculpaciones extensibles a las 25 personas imputadas. En concreto, Alaya detalló que Domínguez Abascal comenzó como vocal del consejo rector a partir del acta de 9 de julio de 2007, asistiendo a cuatro de las cinco sesiones analizadas, en las que "votaría favorablemente autorizando la suscripción de seis convenios".
Tanto Domínguez Abascal como el resto de imputados por Alaya han recurrido esta imputación, recurso que está aún pendiente de resolverse.