La Sala de lo Penal del alto tribunal ha rechazado así el recurso presentado por Silva Sande contra la sentencia dictada por la Audiencia Nacional en julio de 2008, que también le condenó a indemnizar a la familia del médico con 400.000 euros por un delito de inducción al asesinato terrorista.
La Audiencia Nacional declaró probado que Silva Sande viajó a Logroño en marzo de 1990 para entrevistarse con los ya condenados por estos hechos María Jesús Romero Vega y Guillermo Vázquez Bautista, a los que ordenó desplazarse a Zaragoza para matar a alguno de los doctores que tenía encomendado el cuidado de los miembros de la banda encarcelados y en huelga de hambre. Ya en Zaragoza, Romero y Vázquez decidieron asesinar a José Ramón Muñoz porque era el jefe del equipo y el atentado resultaba más fácil.
El 27 de marzo de 1990 acudieron a su consulta, donde Vázquez le disparó a la cabeza y le causó la muerte inmediata.
El Supremo rechaza los argumentos del recurso del ex dirigente de los Grapo y considera evidente la existencia de pruebas contra Silva Sande, ya que Vázquez declaró en la causa que había sido éste quien dio la orden para cometer el asesinato y, aunque se retractó en el juicio, su declaración fue incorporada a través del interrogatorio.